6 сентября 2013 года Центральным комитетом Профсоюза подписано с Министерством здравоохранения РФ Отраслевое соглашение по федеральным государственным бюджетным учреждениям на 2013 – 2016 годы.
При заключении Соглашения стороны договорились проводить совместную аналитическую и экспертную оценку проектов нормативных правовых актов, затрагивающих профессиональные и социально-экономические интересы работников здравоохранения, совместно разработать и утвердить Типовую отраслевую программу совершенствования системы управления охраной труда в медицинских организациях, учредить совместную Почётную грамоту Минздрава России и Профсоюза в целях поощрения работников, добившихся значительных результатов в повышении эффективности здравоохранения и принимающих активное участие в общественной жизни, а также продолжить мониторинг уровня оплаты труда работников отрасли и реализации систем оплаты труда на основе «эффективного контракта».
По условиям Соглашения, работодатели учреждений Минздрава России отчисляют денежные средства первичной профсоюзной организации на культурно-массовую и физкультурно-оздоровительную работу в размере до 0,2 % поступлений от оказания платных услуги иной приносящей доход деятельности, а также согласовывает с соответствующим выборным профорганом формирование и распределение средств на социальные нужды учреждения, в том числе на оплату летнего и зимнего отдыха детей работников, на дотацию оплаты детских дошкольных учреждений для низкооплачиваемых работников и на единовременную выплату семье умершего (погибшего) работника в случаях, предусмотренных коллективными договорами.
Кроме того, новое федеральное отраслевое Соглашение содержит целый ряд взаимных обязательств сторон и рекомендаций подведомственным учреждениям в части установления оплаты труда, режима труда и отдыха, создания условий и охраны труда, обеспечения деятельности выборных органов первичных профорганизаций, социальной защиты студентов-медиков и молодых работников отрасли.